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生物与食品工程系现有轻化工程（香料香精技术）、食品科学与工程和生物工程三个本科专业，有一支较强的师资队伍。全系共有48名教师，其中教授5名、博士11名、博士后2名、硕士共12名，学生近700人。
该系设有生物与食品工程研发中心和香料香精技术创新实验中心，拥有一批可进行轻化工程（香料香精技术）、食品科学与工程和生物工程领域的基础和应用研究，具有国际先进水平的教学、科研仪器和设备。如：美国惠普公司生产的HPGC6890-MS5973色质联用仪、HPLC1100高压液相色谱、NBS全自动发酵罐、紫外分光光度计及超临界CO2萃取、冷冻真空干燥装置等,为全系教学与科研水平的提高和学科的发展创造了良好的条件。该系专业设置特色明显，在国内同行业中有较高影响，目前已与上海孔雀香精香料有限公司、上海冠生园（集团）有限公司技术中心、河南双汇集团有限公司技术中心等国内大型企事业单位建立了广泛的产学研合作关系和教学实习培训基地，学生的应用能力明显提高。
轻化工程（香料香精技术）专业已有近50年的发展历史，是国内唯一专门培养香精香料专业科技人才的教育点。2001年获上海市教委教学成果二等奖，并成为上海市教委重点培育学科，该专业目前已列入学院首批重点建设学科。同时，该专业与全球最大的香精香料公司美国国际香料企业（简称IFF）以及法国乐尔福香精公司（简称TechnicoFlor）、德国威尔德（Wild）食品配料公司建立了密切合作关系。
食品科学与工程专业创建于20世纪60年代，已为我国的食品行业培养输送了大批人才。为适应当今市场以及食品工业发展的需要，本学科旨在培养集生物学、食品科学、食品工程和食品加工工艺知识于一体的专业人才。随着人民生活水平不断提高，本学科发展空间会进一步拓展。
生物工程专业是以生物科学和化学工程等学科相结合的新兴学科，是在原发酵工艺专业的基础上发展起来的，目前主要培养生物制药和食品发酵等方面的高级应用型本科人才，学生毕业后主要从事医药和食品等方面的技术和管理工作。
该专业目前是国内唯一专门培养香精香料专业技术人才的教育点，在行业中享有一定的声誉。该专业主要培养从事香料制备、香精调配及其应用、新产品开发、生产技术管理和市场营销等方面的高级专业人才。目前，该专业人才是国内市场紧缺的人才，每年的毕业生供不应求。
本专业主要课程设置：无机与分析化学、有机化学、物理化学、香精香料专业基础、化工原理、有机分析、合成香料工艺学、天然香料及其加工、日化与食品调香、烟草工艺与调香、化妆品工艺学等。
目前，本专业已被列入院重点学科和上海市教委重点培育学科方向。并在2003年与上海水产大合招生“应用化学”、“香精香料”方向硕士研究生。近几年来，学院加大投资力度，极大地推动了本专业的发展。在产、学、研合作等方面，该专业与全球最大的香精香料企业美国国际香料公司（简称IFF）合作成立了联合调香实验室，法国乐尔福香精集团公司对该专业的学生和教师设立“乐尔福奖学（助）、奖教金”，与全球最大食品添加剂企业德国威尔德（Wild）食品配料公司合作成立了联合实验室，与深圳冠利达波顿香料有限公司成立了联合研发中心等。此外，本专业还与其他国际著名的香料香精公司建立了广泛的联系，每年均有相当数量的毕业生进入全球排名前十位的香料香精大公司工作。最近本专业正在与世界著名的法国国际香精香料化妆品高等技术学院（简称ISIPCA）洽谈合作协议，有望近期开创中外合作办学，共同培养21世纪香精香料专业人才。学生毕业后主要流向有：国际香料（IFF）有限公司、奎斯特国际（上海）有限公司、瑞士芬美意（上海）有限公司、哈门及雷默高仕香料有限公司、妮维雅（上海）有限公司、深圳冠利达波顿香料有限公司、上海爱普香料有限公司、上海高砂鉴臣有限公司等。
食品工业是我国国民经济的重要支柱产业，随着中国加入世界贸易组织和2010年世博会在上海召开，将给上海的食品工业发展提供良好的机遇，为食品科学人才提供广泛的发展空间，同时将需要更多的食品专业人才，服务于“长三角”区域经济。
上海应用技术学院生物与食品工程系食品科学与工程专业具有四十余年的办学历史和经验，与市场和企业结合紧密，具有鲜明的专业特色。近年来，本专业引进多位高学历、高职称的教师，建立了科学合理的学科团队，教学和科研实力雄厚，已在国际、国内学术期刊上发表了相当数量的学术论文，拥有多项发明专利，编写了多部本专业教材，教学科研工作成绩突出。
为了适应上海及周边地区食品科技人才市场所提出的新要求，本专业加强了实践教学环节，扩大了实验教学场所的规模，投入大量的经费购置了一大批先进的教学实验设备和分析检测仪器，建立了稳定的校外实习基地，聘请了众多行业、企业的“双师型”教师，开设了多门综合实验课程，并通过认识实习、生产实习、毕业实习等环节培养学生实践动手能力。历届毕业生就业于光明乳业食品集团有限公司、梅林正广和食品有限公司、冠生园集团有限公司、可口可乐（中国）食品有限公司等食品企业，受到用人单位的好评。
本专业致力于培养食品生产与加工、食品资源与开发、食品安全与品质控制等方向的食品应用型、复合型本科人才，开设了以下主要课程：无机与分析化学、有机化学、生物化学、微生物学、食品化学、食品工程原理、食品分析与实验、食品安全与品质控制、食品工艺学系列课程（乳制品工艺学、软饮料工艺学、焙烤食品工艺学、农产品加工工艺学、糖果巧克力加工工艺学）、食品加工技术装备、食品添加剂应用、食品营养学、现代食品仪器分析技术、食品调香技术、食品市场营销、食品生物技术、食品毒理学、食品物流学、食品物性学、食品保藏学等，以及食品感官评定等综合实验。
经过四年的培养，学生毕业后适合于食品生产加工、研发经营、技术管理、食品安全、品质控制、市场营销等岗位的工作；也可进入执法部门从事食品质量检测、管理和食品安全性评价等工作；还可以考取相关专业的研究生，进一步深造。
生物工程是生物科学、化学工程等学科结合而发展起来的新兴科学。它是21世纪前沿学科之一，具有生物高科技研究成果与产业化之间的桥梁作用，是当今国家和上海重点发展的技术领域。因此，生物工程在经济建设中的重要作用也将日益增强，市场对该专业的人才需求也将日益上升。
我院生物工程专业在具有悠久办学历史的发酵工艺基础上改建而成，在保持原有专业优势的同时，增进了现代生物工程学内涵，师资力量强，实验室建设较完善，仪器设备配套齐全，并拥有一批先进水平的仪器设备，能满足学生综合实践能力训练和专业技能培养，突出工科专业实践性强的特点，加大实践教学，着重培养学生观察、分析、解决问题和创新的能力。该专业强调生物工程与食品工程，轻化工程之间的互相渗透，尤其是生物工程与香料香精工艺间的结合，以促进学生专业知识的交叉和复合，培养厚基础、宽口径，知识面广，适应性强的应用型高级技术人才。该专业包括两个专业方向。
主要培养掌握生物工程基本原理与运用，突出发酵工程，酶工程在轻工食品中的应用。从事生产加工和新产品开发的高等应用技术人才。
本专业主要课程设置：有机化学、物理化学、化工原理、生物学、生物化学、微生物学、生物工艺学、生物工程设备、生物工程下游技术、现代食品发酵技术、生化工程、造酒工艺学等。
学生毕业后适合在食品酿造、轻工医药等行业从事生产工艺和技术管理，新产品开发、市场营销等工作。
主要培养掌握生物工程的原理与应用，着重发酵工程、酶工程原理和技术在生物制药领域的应用，能从事产品生产、技术管理、产品开发的高等应用型技术人才。
本专业主要课程设置：有机化学、物理化学、化工原理、生物学、微生物学、生物化学、生物工艺学、生物工程设备、生物制药工艺学、生物药物分析、药理学概论等。
学生毕业后适合在生物医药、生物化工、轻工等行业从事生产工艺、技术管理、新产品开发和市场营销等工作。
